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Duncombe TA, Kang CC, Maity S, Ward TM, Pegram MD, Murthy N, Herr AE. Hydrogel Pore-Size Modulation for Enhanced Single-Cell Western Blotting. Adv Mater. 2016 Jan 13;28(2):327-334. doi: 10.1002/adma.201503939.
大多數(shù)癌癥療法靶向蛋白質(zhì)和腫瘤異質(zhì)性驅(qū)動(dòng)藥物反應(yīng)和耐藥性。單細(xì)胞分辨率蛋白質(zhì)組學(xué)工具可以提供新的見(jiàn)解。
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Kang CC, Yamauchi KA, Vlassakis J, Sinkala E, Duncombe TA, Herr AE. Single cell-resolution western blotting. Nat Protoc. 2016 Aug;11(8):1508-30. doi: 10.1038/nprot.2016.089. Epub 2016 Jul 28. PMID: 27466711; PMCID: PMC5511750.
描述了如何對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行蛋白質(zhì)免疫印跡以測(cè)量蛋白質(zhì)表達(dá)水平和蛋白質(zhì)狀態(tài)的細(xì)胞間變異。與傳 統(tǒng)的蛋白質(zhì)印跡一樣,單細(xì)胞蛋白質(zhì)免疫印跡(scWB)對(duì)于缺乏選擇性抗體(例如,亞型)的蛋白質(zhì)靶標(biāo) 以及來(lái)自完整細(xì)胞的背景信號(hào)混淆的情況特別有用。
Quadri SM. Single-cell western blotting. Methods Mol Biol. 2015;1312:455-64. doi: 10.1007/978-1-4939-2694-7_46. PMID: 26044027.
為了檢測(cè)這種細(xì)胞間變異,進(jìn)行了一種稱(chēng)為“單細(xì)胞蛋白質(zhì)印跡”的高度先進(jìn)的技術(shù)。
Hughes AJ, Spelke DP, Xu Z, Kang CC, Schaffer DV, Herr AE. Single-cell western blotting. Nat Methods. 2014 Jul;11(7):749-55. doi: 10.1038/nmeth.2992. Epub 2014 Jun 1. PMID: 24880876; PMCID: PMC4077215.
支持 30μm 厚光敏聚丙烯酰胺凝膠的顯微鏡載玻片可實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)印跡:將單個(gè)細(xì)胞沉降到微孔中,原 位裂解,凝膠電泳,光誘導(dǎo)印跡以固定蛋白質(zhì)和抗體探測(cè)。
空間代謝組學(xué)+蛋白質(zhì)組學(xué)探究肺腺癌治療的新靶點(diǎn)
癌基因KRAS是RAS基因亞家族的一員,RAS基因通常在人類(lèi)癌癥中發(fā)生突變,包括肺腺癌。RAS基因編碼膜定位的G蛋白,是幾個(gè)信號(hào)級(jí)聯(lián)的組成部分,包括Raf-MEK-ERK信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路。KRAS引起的代謝變化被認(rèn)為在癌癥的增殖和存活中起著至關(guān)重要的作用,但KRAS對(duì)肺腺癌脂肪生成的調(diào)控作用尚不明確。MSI作為一種工具已經(jīng)被廣泛研究,它可以將癌組織與正常組織區(qū)分開(kāi)來(lái),并對(duì)各種腫瘤進(jìn)行分類(lèi)。在本研究中,作者使用解吸電噴霧電離質(zhì)譜成像(DESI-MSI)分析kras驅(qū)動(dòng)的肺代謝,并結(jié)合基因表達(dá)分析、納米級(jí)蛋白質(zhì)組學(xué)和MSI分析來(lái)研究肺癌中KRAS突變和脂質(zhì)特征之間的關(guān)系。證實(shí)了用治療劑阻斷FASN可以防止kras相關(guān)的肺癌細(xì)胞增殖。
醫(yī)學(xué)一區(qū)頂刊:靶向代謝組學(xué)探究支鏈氨基酸緩解帕金森小鼠的發(fā)病
2022年9月,哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院姚麗芬教授課題組(一作:閆珍珍)在Brain Behavior and Immunity期刊發(fā)表了題為 “Role of gut microbiota-derived branched-chain amino acids in the pathogenesis of Parkinson’s disease: An animal study ”的研究成果,通過(guò)氣相色譜-質(zhì)譜法、免疫學(xué)、GC-MS靶向代謝組學(xué)、微生物16S rRNA基因測(cè)序研究方法,發(fā)現(xiàn)了腸道微生物群代謝的動(dòng)態(tài)變化特征,探究了BCAAs調(diào)節(jié)PD的機(jī)理,描繪了BCAAs影響腸道微生物群和炎癥因子圖譜,為帕金森疾病的深入研究提供了理論依據(jù)。
iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)——用科學(xué)解釋“孫行者”的蟠桃內(nèi)部褐變機(jī)制
“玉露”蟠桃為冷敏感型果實(shí),長(zhǎng)期的低溫冷藏易使果實(shí)出現(xiàn)果肉褐變、絮敗、糖酸比失調(diào)、芳香物質(zhì)喪失等品質(zhì)劣變癥狀,嚴(yán)重影響了果實(shí)的食用和商品價(jià)值,其中果肉褐變是制約桃果實(shí)流通及產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要瓶頸。氣調(diào)貯藏(CA)可顯著抑制果肉褐變,但作用機(jī)理仍需解析。
蛋白質(zhì)組學(xué)+脂質(zhì)組學(xué)探究多胺對(duì)非酒精性脂肪肝的預(yù)防機(jī)制
亞精胺是一種天然的多胺,對(duì)許多物種的健康有好處,可以延長(zhǎng)壽命。脫氧絲氨酸合成酶(DHPS)和脫氧絲氨酸羥化酶(DOHH)是利用亞精胺催化翻譯因子EIF5A (EIF5AH)翻譯后絲氨酸化的關(guān)鍵酶。本研究發(fā)現(xiàn)非酒精性脂肪性肝炎(NASH)患者和小鼠以及用脂肪酸處理的肝細(xì)胞中,肝臟DOHH mRNA表達(dá)降低。
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